В условиях войны больница, как и вся страна, претерпевала масштабную перестройку. Все медицинские учреждения были вынуждены адаптироваться к военному времени.
Были отменены все отпуска, а находившиеся в отпуске сотрудники — срочно отозваны на работу. В числе мобилизованных оказались не только врачи и медсёстры, но и рентгенотехники, санитары, работники кухни, шофёры, инженерно-технический персонал. Более половины всего коллектива было мобилизовано и ушло добровольцами на фронт. Некоторые врачи направлялись в другие учреждения, особенно в детские, для сопровождения детей по эвакуации и оказания им медицинской помощи. В первые дни войны в больнице были развернуты оперблоки, которые подчинялись фронтовому эвакуационному госпиталю №50 (оперподчинение) и Ленгорздравотделу. Основное медицинское обеспечение осуществлялось за счет сил больничного персонала им. Куйбышева. Больница превратилась в мощный эвакопропускной пункт. Постоянно поступали раненые с передовой. После санобработки, в зависимости от характера ранения, им проводились операции или иммобилизация. Затем, через день-другой, всех транспортируемых вглубь страны эвакуировали, а тяжело раненых оставляли в больнице. Хирурги и операционные сестры работали круглосуточно, не отходя от операционных столов, заботясь о раненых. В приемный покой поступали новые пострадавшие, и поток их не прекращался. По воспоминаниям сотрудников, в этот период отличались исключительная напряженность, высокая организованность, слаженность и эффективность работы всей больничной системы. Это подтверждается архивными данными. Вот выдержка из приказа по ФЭП №50 №172 от 11.11.1941 г.: "За выдающиеся показатели в обслуживании раненых и больных, инициативу и исполнительность, а также активную общественно-политическую работу среди раненых, объявить благодарность следующим работникам лечебных учреждений ФЭП-50:
Больница им. Куйбышева: Кремшевский Д.А. – заведующий 1-хирургическим отделением;
Филимонов Н.И. – заведующий 2-хирургическим отделением;
Нейман М.Н. – заведующий 4-й термической отделением;
Нехамкина Э.Г. – заведующая приемным покоем;
Романова Е.И. – старшая операционная сестра...
[Всего 15 человек]
Начальник ФЭП-50
Бригадный врач Черняк
Военкомиссар
дивизионный комиссар Рыбкин" Все работы на территории больницы выполнялись её сотрудниками по трудовой повинности: обработка чердаков суперфосфатом, рытье траншей, ремонтные работы и другие. Работали ежедневно по 3 часа. Ответственность за выполнение возлагалась на заведующих отделениями. Вскоре начались воздушные тревоги. Все ходячие больные, в сопровождении медсестер, были эвакуированы в специально оборудованные укрытия. А потом началась блокада — 871 день испытаний и стойкости...